員工遲到扣工資合法嗎？公司遲到一分鐘罰款20合法嗎？答案是，這兩個問題都需要根據相關的勞動法律規定來判斷。

在我國的勞動法中規定了每日工作時間和休息、放假制度，其中明確規定：用人單位應當按照國家規定的最低工資標準向勞動者支付勞動報酬。也就是說，用人單位不得隨意扣除員工的薪水。

而是否可以根據員工的遲到行為進行懲處，則需要參考公司內部制度和約定。在沒有相關協議或制度配套措施時，企業不能隨便對員工進行罰款或者扣錢等行為，并且罰款金額也需符合國家相關條例。

所以，在具體實踐過程中，企業應該建立健全與之相適應的管理機制體系，并且要考慮以下因素：

1.違紀次數及情節：如果只是少數個別現象，則可以采取口頭警告等方式進行處理；如果多次發生并造成了較大影響，則可能需要采取更加嚴厲措施；

2.管理單方面責任問題:在未經充分溝通協商之前僅從單一行為出發，采取扣工資或罰款等強制性措施，并不合理；

3.懲處與教育并重：對于員工的遲到問題，除了懲處之外還應該幫助他們改正錯誤和提高自我管理能力。

在處理員工違反公司內部制度的行為時，企業需全面考慮相關法律規定和實際情況。只有建立科學、公平、正確的管理機制體系，才可以維護企業形象以及員工利益。